Precalentaremos el horno a 180°C. Colocamos los calabacines en una cazuela grande en agua hirviendo y los cocemos hasta que estén tiernos (3-4 minutos). Los escurrimos y los dejaremos enfriar por completo. Quitamos las semillas con la ayuda de una cucharilla, vigilando no romper la piel. Machacar las semillas y reservar.
Colocamos las mitades del calabacín en una bandeja de horno engrasada. Calentaremos el aceite en una cazuela a fuego medio y le añadiremos la cebolla y el pimiento. Tapar y sofreir unos 10 minutos. Le añadiremos el ajo y sofreiremos 2 minutos más.
Retiramos del fuego, añadimos sin dejar de remover las semillas del calabacín junto con el tomillo y las almendras. Salpimentar. Colocamos el relleno en los calabacines. Horneamos durante unos 15 minutos y lo servimos.